A library for working with phylogenetic and population genetic data.
v0.32.0
GenomeLocusSet Member List

This is the complete list of members for GenomeLocusSet, including all inherited members.

add(std::string const &chromosome)GenomeLocusSetinline
add(std::string const &chromosome, size_t position)GenomeLocusSetinline
add(std::string const &chromosome, size_t start, size_t end)GenomeLocusSet
add(GenomeLocus const &locus)GenomeLocusSetinline
add(GenomeLocus const &start, GenomeLocus const &end)GenomeLocusSetinline
add(GenomeRegion const &region)GenomeLocusSetinline
add(GenomeRegionList const &list)GenomeLocusSetinline
add(std::string const &chromosome, utils::Bitvector const &values)GenomeLocusSet
add(std::string const &chromosome, utils::Bitvector &&values)GenomeLocusSet
any_covered(std::string const &chromosome) constGenomeLocusSetinline
begin() constGenomeLocusSetinline
chromosome_count() constGenomeLocusSetinline
chromosome_names() constGenomeLocusSetinline
chromosome_positions(std::string const &chromosome) constGenomeLocusSetinline
chromosome_positions(std::string const &chromosome)GenomeLocusSetinline
clear()GenomeLocusSetinline
clear(std::string const &chromosome)GenomeLocusSetinline
const_iterator typedefGenomeLocusSet
const_reference typedefGenomeLocusSet
empty() constGenomeLocusSetinline
end() constGenomeLocusSetinline
find(std::string const &chromosome)GenomeLocusSetinline
GenomeLocusSet()=defaultGenomeLocusSet
GenomeLocusSet(GenomeLocusSet const &)=defaultGenomeLocusSet
GenomeLocusSet(GenomeLocusSet &&)=defaultGenomeLocusSet
has_chromosome(std::string const &chromosome) constGenomeLocusSetinline
invert(sequence::SequenceDict const &sequence_dict)GenomeLocusSet
is_covered(utils::Bitvector const &bitvector, size_t position)GenomeLocusSetinlinestatic
is_covered(const_iterator const &it, size_t position)GenomeLocusSetinlinestatic
is_covered(std::string const &chromosome, size_t position) constGenomeLocusSetinline
is_covered(std::string const &chromosome) constGenomeLocusSetinline
iterator typedefGenomeLocusSet
key_type typedefGenomeLocusSet
mapped_type typedefGenomeLocusSet
next_covered(utils::Bitvector const &bitvector, size_t start_position)GenomeLocusSetinlinestatic
next_covered(const_iterator const &it, size_t start_position)GenomeLocusSetinlinestatic
next_covered(std::string const &chromosome, size_t start_position) constGenomeLocusSetinline
nposGenomeLocusSetstatic
operator=(GenomeLocusSet const &)=defaultGenomeLocusSet
operator=(GenomeLocusSet &&)=defaultGenomeLocusSet
reference typedefGenomeLocusSet
set_intersect(GenomeLocusSet const &rhs)GenomeLocusSet
set_union(GenomeLocusSet const &rhs)GenomeLocusSet
value_type typedefGenomeLocusSet
~GenomeLocusSet()=defaultGenomeLocusSet